Fakultas Kedokteran Universitas Islam Sultan Agung didirikan pada tanggal10 Oktober 1963. Kurang lebih 17 bulan setelah berdirinya Universitas Islam Sultan Agung pada tanggal 20 Mei 1962 dan kemudian mendapat SK terdaftar No 74/B.S.T/P/64 tanggal 28 Pebruari 1964 yang ditandatangani oleh Moh. Sa’id pejabat Kepala Biro Perguruan Tinggi Swasta Departemen PerguruanTinggi dan Ilmu Pengetahuan.
Pendirian Fakultas Kedokteran UNISSULA ini didorong oleh tuntutan kebutuhan dan minat masyarakat yang sangat besar terhadap keberadaan Fakultas Kedokteran. Pada tahun itu satu-satunya Fakultas Kedokteran yang ada di Jawa Tengah adalah Fakultas Kedokteran UNDIP yang hanya mampu menampung 100 mahasiswa dari 3000 pendaftar calon mahasiswa, sementara itu kebijakan yang ada terasa mempersulit calon-calon mahasiswa dari Jawa Tengah untuk bisa diterima di Jawa Barat dan JawaTimur.
Kondisi tersebut membuat berdirinya Fakultas Kedokteran UNISSULA langsung mendapatkan dukungan dari masyarakat terutama masyarakat Jawa Tengah dan mendapatkan persetujuan penuh dari pejabat - pejabat resmi pada waktu itu, baik di Semarang maupun yang ada di Jakarta. Berdirinya Fakultas Kedokteran UNISSULA ini juga tidak lepas dari upaya para pendiri untuk ikut serta bersama-sama pemerintah mencetak dokter dalam rangka meningkatkan
